Surtout ne fait pas marcher la synchro sur un répertoire vide, en espérant que le système va synchroniser du serveur vers le local: il y a de très fort risques d'effacer les données sur le serveur.
Il existe une autre solution, plutôt que de récupérer les fichiers à la main à partir du navigateur:
Monter le cloud sur un VPS en utilisant HubicFuse,
faire une copie des fichiers du cloud vers le VPS : faire une procédure batch, ça tourne la nuit, ça prend le temps que ça veut,
quand c'est fait : faire des rcp (remote copy ou son équivalent SSH) depuis le VPS vers ton PC : ça , ça prendra le temps que ça doit, vues les perfos de ta liaison, mais pas plus (contrairement à Hubic).
Je l'ai fait, ça marche.